Die Ernestiner Stiftung zu Gotha geht auf das ehrwürdige 'Coenobium' zurück, das über drei Jahrhunderte eng mit dem Gothaer Gymnasium verbunden war. Es wurde 1543 von Schulgründer Friedrich Myconius ins Leben gerufen, um begabten Kindern armer Familien den Zugang zu akademischer Bildung zu ermöglichen.

Unter Herzog Ernst dem Frommen wurde die Stelle des Inspector Coenobii zur Beaufsichtigung der Schüler geschaffen. Rektor Andreas Reyher erarbeitete die neuen Schulgesetze und führte die allgemeine Schulpflicht ein. 1713 übernahm der Inspektor die Betreuung des 'Fiscus Gymnasticus' zur Aufbesserung der Lehrergehälter und 1733 die Verwaltung der Gymnasialbibliothek.

Mit der Vereinigung zum Gymnasium Ernestinum im Jahr 1859 und dem Neubau in der Bergallee wurde die Umwandlung der Naturalverpflegung in Geldstipendien beschlossen. Am 13. Mai 1863 erließen die Behörden neue Bestimmungen: Das Coenobium wurde nach 320 Jahren aufgelöst und als Cönobialstiftung in die neu organisierte Stipendienstiftung integriert.

Die Stipendienstiftung umfasste acht traditionsreiche Einzelstiftungen. Das Kapital stieg bis zum 31. März 1945 auf einen Höchststand von 32.240,60 Reichsmark an. Im November 1945 wurden sämtliche Wertpapiere der Stiftung durch die Militärregierung beschlagnahmt, was das vorläufige Ende der Stiftungsarbeit bedeutete.

Am 25. März 2006 wurde die Neugründung eingeleitet. Durch bürgerschaftliches Engagement, Aktionen wie das 'Ernestinchen'-Sparschwein, Basare und Einzelspenden wurde ein erstes Grundkapital von 7.456,04 € aufgebaut.

Am 1. Juli 2018 bestätigte das Thüringer Innenministerium die Rechtsfähigkeit der Ernestiner Stiftung zu Gotha mit einem Grundkapital von 25.000 €. Heute fördert die Stiftung Schulprojekte, Stipendien, Denkmalpflege und pflegt das Netzwerk der Abiturjahrgänge.